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De retour sur le Nomad, Snake visionne avec Otacon les dernières images du Mk II qui a pu s'infiltrer sur le bateau de Liquid lors des évènements sur la rivière Volta. Ils apprennent que Liquid veut lancer un missile nucléaire furtif sur JD. Cependant, il ne peut contrôler un missile avec le Système du GW. Les armes de destructions massives sont toujours sous le contrôle de JD. Liquid ne peut que contrôler leurs armes légères et lourdes. Mais Liquid sait où trouver les bombes que les Patriotes ne contrôlent pas. C'est là que REX rentre en jeu. Liquid Ocelot a déjà identifié la position de JD grâce à GW. C'est un satellite en orbite du XXème siècle, dissimulé comme un débris spatial. Avec une bombe furtive, il n'est pas la peine de s'inquiéter des Patriotes risquant de l'intercepter. Une fois JD, l'IA centrale, détruite, la priorité de GW passera de niveau 1. Et tous les systèmes qui étaient sous le contrôle de JD passeront sous le commandement de Liquid.

GW, l'IA qui était à bord de l'Arsenal Gear il y a cinq ans, n'a pas été détruite par le ver d'Emma. Liquid a pu le récupérer, le réparer et l'utiliser comme couverture dans le Système. JD est incapable de reconnaître GW même si elle est à l'intérieur du Système des Patriotes.