Snake reprend connaissance dans le Nomad. Otacon, qui est à son chevet, lui apprend qu'il a été inconscient pendant toute une journée et qu'il a probablement été sauvé par l'un des hommes de Meryl. Solid Snake s'étonne de ce qu'il s'est passé. Entre deux toussotements, il raconte que sont corps s'est soudainement raidi. Ce n'était pas normal, ce n'était ni ses articulations, ni ses muscles. Otacon précise qu'il a eu beaucoup de chance. Certains des soldats PMCs ont eu des crises cardiaques. Après cet évènement au Moyen-Orient, Otacon raconte qu'il a reçu un mail vidéo de Naomi envoyé à son ancienne adresse et un fichier son décrypté en vidéo par Sunny.

« Snake. Je vais être rapide. Je suis en Amérique du Sud. J'ai été capturée et forcée à faire des recherches... par Liquid. Liquid veut s'emparer du SOP, le système Sons of the Patriots qui contrôle les soldats. Pour cela, il a besoin d'analyser la structure des nanomachines et de trouver comment elles communiquent entre elles. Les nanomachines désormais utilisées par les militaires et les PMC sont de 3ème génération. Mais leur conception est inspirée de la 1ère génération. Et la technologie de base n'a pas changé. C'est moi qui ai créé la 1ère génération, une colonie de nanomachines dont FOXDIE faisait partie. Il y a neuf ans, pendant Shadow Moses, je l'ai injectée dans ton corps, Snake... La technologie utilisée dans FOXDIE a été incorporée, plus exactement héritée. par SOP. C'est pour ça que Liquid m'a ordonnée de l'aider à détourner le système, parce que je sais comment FOXDIE marche. S'il te plait, viens me libérer. Liquid a trouvé une faille pour s'introduire dans le système. Les préparatifs de son insurrection sont presque terminés. Il n'y a pas de temps à perdre. Snake, dépêche-toi ! »

Otacon explique qu'il s'agit bel et bien de Naomi sur la vidéo mais il n'écarte pas l'hypothèse d'un piège. Après l'incident de Shadow Moses il y a neuf ans, Naomi fut arrêtée par les autorités. Mais elle s'est enfuie avec une aide extérieure. Solid Snake fut plus que soupçonné de l'avoir aidé, mais le colonel Campbell est certain que Liquid est derrière cette histoire. En Amérique du Sud, il y a un conflit permanant entre un nouveau régime mis en place par les PMCs et une armée rebelle issue de l'ancien régime. Cette PMC « Pieuvre Armement » est justement l'une des PMCs sous le contrôle de Liquid. Naomi étant leur seule piste, et surtout qu'elle pourrait expliquer le vieillissement accéléré de Snake sans doute à cause de FOXDIE, Snake et Otacon se laissent convaincre d'aller à El Dorado en tant qu'inspecteur de l'ONU comme couverture.

Sur place, dans le village de la vallée de Cove détruit par le conflit, Snake aperçoit furtivement Vamp, ce qu'il ne le réjouit pas, et l'une des Beauty and the Beast bien décidés à trouver Solid Snake. Prudemment, il s'enfonce dans la montagne, en se sachant désormais attendu. Lors d'un appel par codec, Snake apprends que Campbell s'est marié avec Rose, l'ex-copine de Raiden.


Ce dernier a mystérieusement disparu quelques années auparavant, juste après avoir sauvé Sunny des mains des Patriotes. C'est avec un certain dégoût que Snake continue son chemin, mélangé aux rebelles sud américains. Un peu plus tard, Snake reçoit un autre appel qui le trouble d'avantage. Il reconnaît la voix de Raiden. Celle-ci lui dit de prendre garde à l'embuscade qui se prépare autours de lui et des rebelles avant de lui annoncer que Jack (Raiden) est mort.


Après avoir aidé les rebelles à détruire une centrale électrique, Snake rencontre pour la deuxième fois Drebin et Little Gray, son petit singe, qui semblaient l'attendre. Le trafiquant lui avoue que les nanomachines qui lui a injectés au Moyen-Orient lui permet de le localiser. S'il s'intéresse autant à Snake, c'est parce qu'il allume pas mal de feux sur le champ de bataille. Drebin le met en garde sur les B&B (Beauty and the Beast) C'est un groupe de femmes soldats améliorées, probablement des freelances, engagées par les PMCs. Quand il s'agit de mettre de l'ordre quelque part, elles sont sur le terrain, aux commandes des troupes d'élites. Malheureusement pour Snake, depuis les évènements du Moyen-Orient, elles ont reçu l'ordre prioritaire de le tuer. Derrière les combinaisons des B&B se cachent en réalité de très belles femmes souffrant de stress post-traumatique suite à la guerre. En fait, elles ne sont que des victimes de guerre, elles n'ont jamais été soldats. Leur seul moyen de faire face aux réalités du combat était de devenir des machines de guerre. La bête (beast) c'est ce que l'on voit de l'extérieur, la belle (beauty), est leur part d'humanité qui se trouve à l'intérieur. Mais la belle ne peut vivre très longtemps sans sa combinaison. Elles ont été convaincues qu'en tuant Solid Snake, leurs âmes seraient purifiées. Elles croient que ça les libérera de toute leur douleur, de leur colère et de leur tristesse. D'où leur motivations certaines...

Cependant, le savoir de Drebin interpelle Snake. Mais Drebin affirme qu'il ne travaille pas pour les Patriotes. Les nanomachines que Drebin a en lui ne sont pas militaires, il n'est donc pas soumis à la censure. Drebin apprend à Snake que les Patriotes ne sont plus humains. Qu'aujourd'hui, ils sont une IA qui garantissent l'unité de ce monde en gardant tous le chaos sous contrôle. Les Patriotes sont l'Amérique, la plus grande puissance militaire mondiale. C'est l'économie de guerre à eux seuls. Snake et lui ne sont en réalité que des pièces dans un contexte bien plus important. Chaque aspect du Système des Patriotes est suivi de près par les trois IA périphériques et une IA centrale qui les coordonne toutes. Le système SOP est l'une de ces parties. Tout cela avec un système de contrôle indéréglable. Il est impossible de s'infiltrer de l'extérieur dans l'IA des Patriotes.

Alors que Snake s'approche de l'endroit où est détenue Naomi, les combats s'intensifient de plus en plus. C'est alors que, Raiden appelle à nouveau Snake. Il lui apprend qu'il avait pour mission de trouver la dépouille de Big Boss pour le chef d'un petit groupe de résistants. Ses disciples l'appellent « Makta pluku » ou « Big Mama ». En échange de ce service, ils donnèrent à Raiden l'emplacement de Sunny prisonnière des Patriotes.

De son coté, Rose demande à Snake de ne pas dire à Raiden qu'elle participe à cette opération. Après l'incident de la Big Shell, Raiden est devenu instable. Les souvenirs de son enfance lors de la guerre civile au Liberia ont refait surface. Quand il rentrait à la maison, il était ivre mort, parfois recouvert de bleus et de coupures. Campbell essayait de le remettre sur pied, mais Jack l'évitait. Soutenant Rose, le colonel lui conseilla de devenir conseillère psychologique. Elle avait besoin d'oublier, changer d'air, pour avancer.

Lorsque Solid Snake arrive au manoir Vista, Naomi est en pleine discussion téléphonique avec Liquid Ocelot. Ce dernier ne se trouve pas ici, comme Snake l'espérait. Naomi apprend à Snake que ce qu'il a vu au Moyen-Orient, la crise des soldats PMCs, était les émotions des soldats à l'état sauvage. Jusqu'ici, Liquid et Naomi pensaient que SOP était un système de contrôle d'ID conçu pour maintenir l'ordre et garder le contrôle au combat. Ce qui s'avère vrai, mais il ne s'arrête pas là. SOP a une autre fonction, et non des moindres. Il permet de contrôler le sens des gens.

D'ordinaire, l'expérience nous forge, nous rend plus dur. Les vétérans vivent souvent avec des souvenirs douloureux, qu'au fil du temps, ils appréhendent un peu. Les nanomachines des soldats s'adaptent aux conditions, favorisant la sécrétion de neurotransmetteurs, d'hormones et de stimulateur pour leur donner un avantage au combat. Elles peuvent créer une sensation d'euphorie en relâchant des endorphines au moment ou le soldat tue un ennemi. Ou inhiber certaines hormones pour neutraliser les émotions des soldats et les empêcher de paniquer et de tirer sur les alliés évitant ainsi des massacres inutiles. Tout ceci est contrôlé par l'IA centrale du Système. Elle contrôle la douleur du soldat, ses émotions, ses sens. En d'autres mots, l'essence même de son être. Face aux demandes exponentielles de l'économie de la guerre, de plus en plus de soldats doivent se battre. Ceci a entraîné le développement de technologies pour améliorer rapidement leurs aptitudes aux combats et contrôler leurs actions. Le Système garantit une offre stable de soldats optimisés pour le combat à un coût minimum. Mais contrairement à la technologie du combat, on ne peut pas enseigner l'esprit d'un soldat. Il doit se forger avec l'expérience.

Le test de Liquid Ocelot et de Naomi était de libérer les nanomachines des soldats du système. Mais ils ne savaient pas à propos du contrôle mental. Leur test a été un succès, ce qui a confirmé leur hypothèse du moment. Mais à l'arrêt du Système, une foule de sentiments telles que la douleur, la colère la tristesse, tous les traumatismes, le stress, les regrets, la haines, la culpabilité, toutes ces sensations jusqu'ici réprimées ont été libérées dans leur coeur. Contrairement à leur sens, leur mémoire n'a pas été effacée. Chaque soldat ennemi qu'ils avaient tué, chaque camarade perdu, chaque bévue contre des civils innocents, chaque acte de violence commis était gravé à tout jamais dans leur coeur. En inhibant leurs âmes, les nanomachines placèrent un fardeau sur leurs coeurs. Le corps de l'utilisateur rejette les nanomachines et cette réaction doit être inhibée par des médicaments. Avant que l'utilisateur le sache, son esprit est entièrement brouillé. Les pêchés de la guerre des soldats sont revenus les hanter sous la forme d'une extraordinaire commotion. Si le sens et le Système ont changé, ce n'est pas le cas du champ de bataille. En d'autre mot, la guerre leur faisait l'effet d'un jeu, et soudainement, la réalité s'est imposée violemment.

Les nanomachines de Snake, eux, sont issues de la 1ère génération. Elles sont rechargées par sa chaleur corporelle. Ce qui fait qu'elles fonctionneront toujours jusqu'à leur extraction, ou à la mort de Snake. Depuis neuf ans, Snake en a perdu beaucoup par excrétion ou saignement, mais 30% sont encore fixées à ses cellules. Ses nanomachines ancienne génération n'a jamais eu d'enregistrement ID et ne réagissent donc pas comme les nanomachines SOP. L'hypothèse qu'elles interfèrent avec le corps et le coeur de Snake est dans le domaine du possible. Cependant, le vieillissement accéléré de Snake n'a aucun rapport avec les nanomachines, ni avec le virus FOXDIE. Naomi apprend à Snake que ses télomères ont délibérément été créés court, sans se soucier de l'âge de l'original. L'un des gènes qui inhibe la reproduction et le vieillissement, le gène Klotho, a lui aussi été délibérément muté. Mais le plus important c'est que ses chromosomes ainsi que ceux de Liquid ont reçu des gènes terminateurs pour empêcher de faire des copies. En d'autres mots, Snake et Liquid sont des clones créés dans un seul but : la guerre.